L´ecografia morfologica viene eseguita fra il quinto e il 6 mese di gravidanza poiché questo è il periodo migliore per studiare il feto. Questo è infatti il periodo in cui c´è un rapporto ottimale fra le dimensioni e la quantità del liquido amniotico.
Un´ecografia morfologica ha il compito di studiare la morfologia e la struttura anche degli organi interni. Viene analizzato il cervello con la misurazione dei ventricoli laterali, del cervelletto; la faccia con l´ispezione del profilo, della bocca e delle lenti del cristallino oculare. Si esamina la colonna vertebrale, il cuore e l´intero arco aortico, il diaframma, l´addome e gli altri organi interni come lo stomaco il fegato e l´intestino. Vengono analizzati anche i reni, la vescica e gli organi dell´apparato genitale. Uno scrupoloso esame viene eseguito anche sugli arti superiori e inferiori e infine vengono valutati eventuali indicatori di rischio di cromosomopatie.
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